История рассказывает о мальчике с гор Кавказа, которого взяли в плен и передали русскому генералу. Тогда он направлялся в Тифлису и решил взять малыша с собой. Случилось так, что по пути ребенок заболел. Понимая то, что дитя может не перенести дорогу и умереть, генерал оставляет его в городе Мцхет в мужском монастыре.

Монахи пожалели малыша и взялись за его лечение. В итоге он остался у них жить. Несмотря на замечательное к нему отношение, мальчик тосковал по своей семье и ему казалось, что он живет в тюрьме.

Шло время, и труд монахов был виден: Мцыри выучил грузинский язык и уже готов был дать монашеский обет. Но перед этим важным днем он решает сбежать. Его долго ищут, но никак не могут найти.

Через пару дней парня находят на площади Мцхета без сознания и приносят в монастырь. Придя в себя, Мцыри ничего не хотел никому разъяснять, кроме того он отказался от еды. Тут же монахи поняли, что он сознательно приближает свою смерть. Тогда к нему приходит чернец, который его когда-то выходил и окрестил. Только ему юноша эмоционально рассказывает всю правду о том, что он всегда мечтал вернуться домой и, даже еще будучи ребенком, поклялся себе, что сбежит из плена. Он не каялся в своем поступке, а наоборот гордился им. Три дня на свободе ему казались лучшими за его семнадцать лет жизни. Блуждая по лесу, Мцыри сразился с диким зверем и одержал победу. Он доказал самому себе, что мог бы быть достойным горцем у себя на Родине. Парень вспоминал свое детство, родных и очень сожалел о том, что не смог выполнить клятву возвращения домой. Когда он сбежал из монастыря, он думал, что с легкостью найдет дорогу домой, но сделав круг, вернулся к началу пути. Жизнь в плену убрала у него то чутье, которое свойственно настоящим детям природы. Ему удалось вырваться из стен монастыря, но внутренние чувства уже не разрушить. Именно осознание этого всего убивает его. Мцыри рожден на свободе и жить в рабстве он не сможет.

Понимая, что смерть уже близко, Мцыри просит похоронить его в дальнем уголке монастырского сада, откуда видны горы Кавказа, чтобы легкий ветерок приносил на его могилу обрывки родной речи.