Роман начинается с того, что тетушка Полли зовет своего племянника. Она ищет его по всему дому и вскоре ловит испачканным. Тетя понимает, что мальчик пробовал варенье и хочет наказать его. Однако сообразительный Том успевает убежать. Тетушка Полли не может долго злиться на племянника, ведь кроме нее у него больше никого нет. Чтобы вырастить из него приличного человека, она решает наказать его.

В этот день главный герой пропускает занятие и плескается на берегах Миссисипи. Чтобы такого больше не повторилось, тетя зашивает ворот рубашки. Том хочет перехитрить ее, но берет нитки другого цвета, и брат разоблачает обман. Снова мальчику грозит наказание, и он сбегает. Вернувшись домой он узнает, что тетя намерена отправить его на работу в субботу. Задача Тома побелить забор. Будучи умным мальчиком, он превращает это занятие в выгодное мероприятие и вскоре становится одним из самых богатых мальчиков. В этот же день главный герой играет с Джо Гарпером и влюбляется в дивную девочку. Вечером Сид ворует куски сахара и разбивает сахарницу, но за этот проступок ругают Тома.

На следующий день сестра Мэри помогает мальчику собраться в школу. Там он получает у ребят билетики, которые дают за выученные стихи.  Тот, кто расскажет две тысячи стихов получает библию. На уроке Том видит свою возлюбленную и отдает учителю билетики. Таким образом он оказывается на вершине славы.

В понедельник главный герой не хочет идти в школу и притворяется больным, но тетя разоблачает обман и отправляет учиться. Гек собирается с помощью дохлой кошки свести бородавку, и Том идет с ним. Учитель ругает за опоздание и садит героя к девочкам. Мальчик знакомится с Бекки Тэтчер и признается в любви. Затем он сказал несколько слов о предыдущей невесте и этим обидел девочку. Теперь ему нужно, чтобы Бекки пожалела его. Он сбегает в лес, где играет сцену из «Робин Гуда» с Джо Гарпером.

Ночью мальчик с Геком идут с кошкой на кладбище, в ожидании чертей они прячутся у могилы. Но приходит доктор Робинсон и требует выкопать гроб. Портер хочет больше денег за услугу и начинается драка. Джо вонзает нож доктору в грудь. Том и Гек обещают никому об этом не говорить. Вскоре слух о смерти донесся до всех и арестовывают невиновного. Тома мучает совесть и жизнь теряет былую прелесть. К тому же еще и Бекки не ходит в школу. Когда она наконец-то там появляется, то гордо отворачивается от героя. Мальчик решает стать пиратом. В первый день им было весело: они купались и рассматривали остров. Ночью Джо и Том понимают, что родные волнуются за них, и Джо хочет вернуться назад. Однако главный герой смеется над ним. Когда все уснули, Том пробирается в городок и узнает, что вскоре по ним устроят панихиду. Мальчик предлагает явиться посреди службы в церковь.

Теперь Том – герой и прекрасно живет без Бекки. В это время девочка хорошо общается с Альфредом Темплом. Вскоре Том Сойер понимает, что новый поклонник был всего лишь орудием для ревности. Альфред выливает чернила на учебник Тома. Бекки все это видит, но решает не мешать. Однажды девочка надорвала страницу из таинственной книги учителя, и главный герой взял вину на себя.

Наступают каникулы и Том заболевает корью. Вскоре состоялось слушание над делом Мэфом Портера, и мальчик рассказывает правду о событиях в лесу. В это время Джо выскакивает в окно. Теперь главный герой и Гек боятся мести.

Том хочет найти клад и вместе с Геком перерывает землю под деревом. Далее они обращают свое внимание на «дом с привидениями». Там они слышат, как Джо с подельником хотят спрятать украденные деньги и покинуть штат. Друзья намерены стащить сундук, как только воры отлучатся.

Наконец-то возвращается Бекки, и ее семья устраивает пикник. Дети осматривали пещеру, а затем все кроме Бекки и Тома вернулись домой. Тем временем Гек узнает, что Джо намерен мстить богатой вдове и решает спасти ее.

Том и Бекки блуждают по пещере. В них заканчиваются свечи и в темноте главный герой натыкается на Джо. Наконец-то мальчик находит выход, и дети возвращаются домой. Судья приказывает закрыть вход в пещеру, но Том вспоминает о том, что там находится индеец. Вскоре его нашли мертвым у двери, а рядом мальчишки находят клад. Тем временем вдова в благодарность за спасение хочет воспитывать Гека, который теперь богат. Друзья делят деньги поровну. Гек все же селится у вдовы, но ему там неудобно и вскоре мальчик сбегает.