Уже месяц прошел с тех пор, когда Борис с сестрой закрылись в монастыре и оказались принять престол в Москве. Жители объясняли отказ Годунова тем, что ему страшна была такая власть. Но Шуйский был уверен, что все это игра. Ведь он не понимал смысла в том, что царевича в младенчестве убили. В смерти как раз он винит Бориса.

События разворачиваются так, как и предполагал Шуйский. Народ начал умолять Бориса Годунова стать царем. Он немного колеблется, но через время выходит из монастыря и соглашается принять власть в свои руки.

Прошло четыре года. У Чудова монастыря отец Пимен готовится завершить летопись. Тут просыпается молодой инок Григорий, который спал неподалеку. Он начинает жаловаться на жизнь при монастыре, в котором герой живет с раннего детства. Также он расспрашивает от мертвом царевиче, так как наследник был его ровесником. Пимен во время смерти был в Угличе. После рассказа он завершает летопись и решает передать ее ведение Григорию.

После этого Григорий жаждет попасть на трон и бежит из монастыря. О случившемся докладывают патриарху. Он приказывает догнать беглеца и отправить его на ссылку в Соловецкий монастырь.

Царские палаты. После беседы с колдуном появляется царь. Он уже шесть лет не правит и его все устраивает.

Появляются приставы, у них указ с приметами Григория. Но он, выдвигая свою кандидатуру на прочтение указа, изменяет внешние приметы. Его ложь вскрывается, но ему удается сбежать.

В поместье Шуйского гостит Афанасий Пушкин, которые рассказывает главе дома интересные новости из поместья Кракова, что при дворе польского короля появился Дмитрий. Шуйский понимает, что если эта новость распространится, будут неприятности для всех.

В царских палатах Шуйский ведает Годунову о новости из Кракова. Узнав, что самозванец выдает себя за царевича Дмитрия, и что все на его стороне, он расспрашивает Шуйского об этом деле, которое он расследовал тридцать лет назад. Тот рассказывает, что мертвый младенец был так красив, будто спал.

Далее Григорий (самозванец), будучи в доме Вишневского, обольщает всех намечающихся сторонников и обещает присоединить Русь к Ватикану, казакам дать вольность, а слугам Годунова – возмездие.

Заехав в замок Мнишка, самозванец Григорий останавливается там на три дня, где и влюбляется в Марину. Ей он рассказывает, кто он на самом деле. Но девушка не желает быть с беглым монахом и советует ему начать войну и отнять трон у Годунова.

Самозванец уже недалеко от границы с Литвой. Его постоянно терзают мысли о содеянном. Царская дума обсуждает действия беглеца, Шуйский успокаивает народ. Царевич-самозванец выигрывает битву.

На площади в Соборе духовенство предает анафеме еретика Гришку Отрепьева. Возле собора сидит мальчик Николка. Рядом играющие мальчишки начинают дразнить его. Когда из храма вышел Борис, мальчишка попросил его, чтобы тот «велел зарезать их, как зарезал маленького царевича». На что он попросил Николку молиться за себя.

Недовольный боярами, Борис хочет воеводой поставить Басманова. Через время после их беседы, государь почувствовал себя плохо и резко упал с трона. Понимая, что умирает, Годунов попросил встречи с царевичем. Он очень любил своего сына и благословил его на правление. После этого в зале появились Патриарх, царица с дочерью и бояре. Все пообещали царю, что будут служить наследнику верой и правдой. Гаврила Пушкин соблазняет Басманова на предательство. На лобном месте Пушкин провозглашает власть самозванца Григория и провоцирует на бунт против детей Годунова. Далее бояре окружили дом, где скрывалась семья Годунова и душат их. Позже Мосальский объявляет народу, что дети отравили себя ядом. В конце Дмитрия (Григория) безмолвно провозглашают новым правителем.